外国人が日本で会社を設立しようとする場合に念頭に置かなければならないのは、在留資格の問題です。
会社設立の登記が無事完了したとしても、在留資格（経営管理ビザ）が得られないようであれば、日本で会社の経営（管理）はできません。
したがって、登記と在留資格の取得の双方を一体として、進めることが大事です。登記は司法書士のお仕事であり、在留資格は行政書士のお仕事になります。
登記手続
まず、登記の手続ですが、多くの方は、「日本支社」ではなく、「日本法人」を作る方法を選択されると思います（こちらの方が手続が簡便）。この場合、用意する資料は、日本人が会社を設立する場合と基本的には同じです。
出資金の払込みは難しい
外国人会社設立の登記手続における最大の難関は、出資金の払込みです。払込みは、通常は発起人（代表者等）の日本にある銀行口座にしますが、日本に住んでいない場合は、口座の開設は、事実上不可能と思っていいでしょう。なので、この場合、日本に誰か協力してくれる人（一時的に役員になってくれる方）が必要になります。
経営管理ビザの手続き
法人登記を終えたら、次は経営管理ビザですが、税務署への届出のほか、許認可が必要な事業であれば、経営管理ビザの申請の前に得ておく必要があります。例えば、古物商の許可、飲食店営業、お酒の販売等は、許認可を得ておく必要があります（こちらも行政書士のお仕事になります）。
経営管理ビザの手続に係る資料は、登記とも重なりますので、登記の手続に直接必要はなくても、登記申請の段階から、十分に考慮しておくべきです。例えば、上記の、出資金の払込みの資料について、出資金は５００万円以上にしましょう。また、その出所についても、問われるので、説明ができる資料などを準備しておく必要があります。
また、本店の所在地（事務所・店舗）については、登記の際には、自宅でも構いませんが、一戸建てを所有している場合でもなければ、ちゃんとした事務所・店舗を確保する必要があります。事務所・店舗の確保するために不動産の契約をするには、日本での身分証明書や印鑑証明書が必要になりますので、やはり日本での協力者が必要になると思います。なお、「法人名」で「事業用」として契約する必要があります。
あと、印鑑証明書の問題もあります。外国人で日本で印鑑登録をしていない場合は、自国の当局で印鑑（サイン）を証明してもらい、翻訳文も付けなければなりません。
最後に
いずれにせよ、「登記」が、その性格上、一定の資料を用意すれば、「通らない」ということがまず想定されないのに対し、「許認可」は、求められている資料を揃えたとしても、その内容が、しかるべき要件を満たしていると当局に認めさせるものになっていなければらないという点に、注意を要します。
つまり、ご本人様の経歴やこれから設立しようとする会社の事業計画などの資料も含めて、日本にとって資格を付与するに足りる人物あるいは会社であるか、内容に矛盾や疑わしい点はないか、確実性やその根拠はどうか等々の諸々の判断に耐え得るものになっている必要があります。
